Pobranie komórek macierzystych z krwi pępowinowej jest najwygodniejszym i jedynym nieinwazyjnym sposobem ich pozyskania. Krew pobierana jest przez położną do „zestawu pobraniowego”, który rodzice otrzymują od banku. Procedura pozyskiwania krwi pępowinowej trwa kilka minut, nie niesie ze sobą żadnego ryzyka i nie zaburza przebiegu porodu. Odbywa się tuż po narodzinach i odcięciu pępowiny. Nie wymaga znieczulenia i jest zupełnie bezbolesna zarówno dla matki, jak i dziecka. Pozyskanie krwi pępowinowej jest możliwe także w przypadku porodu przez cesarskie cięcie czy ciąży mnogiej. Pobranie krwi odbywa się w szpitalach, które współpracują z bankami krwi pępowinowej. Zasięg działania tych banków może być lokalny lub ogólnopolski.