U dzieci hipotroficznych stwierdza się zwiększoną umieralność i zachorowalność w okresie okołoporodowym. Do głównych zagrożeń związanych z hipotrofia płodu należą:

• zwiększone ryzyko niedotlenienia płodu w czasie ciąży i porodu,
• zwiększone ryzyko wewnątrzmacicznego obumarcia płodu,
• zaburzenia termoregulacji u noworodków hipotroficznych (hipotermia),
• hipoproteinemia (obniżony poziom białka),
• hipoglikemia (obizony poziom glukozy),
• hiperbilirubinemia ( podwyższony poziom bilirubiny, żółtaczka),
• policytemia (zwiększona liczba krwinek czerwonych wynikająca z niedotlenienia),
• zwiększa podatność na infekcje w okresie noworodkowym,
• zaburzenia neurologiczne.

Dzieci hipotroficzne charakteryzują się ponadto zaburzeniami rozwoju psycho-fizycznego i intelektualnego w okresie rozwojowym oraz większą zapadalnością na choroby serca i choroby metaboliczne w życiu dorosłym.