Testy na obecność wirusa HPV polegają na wykryciu specyficznego DNA wirusa oraz różnicowaniu typów (różnice w sekwencji DNA). Istnieją testy rozszerzone (jakościowe) polegające na tzw. genotypowaniu czyli dokładnym określeniu typu wirusa HPV (np. HPV 16, HPV-18 etc). Próbki pobiera się z miejsca infekcji za pomocą szczoteczki jak do cytologii albo za pomocą biopsji szyjki macicy.
Należy pamiętać że nieprawidłowy wynik badania cytologicznego jest w większości przypadków związany z zakażeniem HPV, ale może również istnieć pozytywny wynik testu na HPV przy prawidłowej cytologii. Dlatego u kobiet po 30 roku życia zaleca się wykonanie badania cytologicznego razem z testem na obecność wirusa HPV jako badań przesiewowych raka szyjki macicy.
Najnowszą metodą jest metoda tzw. cytologii płynnej (Liquid Based Cytology), która polega na badaniu cytologicznym (cytologia jednowarstwowa) z równoczesnym badaniem wykrywającym DNA wirusów HPV o wysokiej onkogenności.