Typy HPV znajdowane w układzie rozrodczym zostały podzielone na typy wysokiego i niskiego ryzyka na podstawie ich związku z różnymi jednostkami chorobowymi.
Typy wysokiego ryzyka mogą powodować rozwój nowotworów narządów moczowo-płciowych najczęściej raka szyjki macicy, rzadziej nowotwory odbytu, sromu i pochwy. Najgroźniejsze są typy:16, 18, 31 i 45. Te typy wirusa HPV odpowiadają za powstanie około 80% raków szyjki macicy. Rozwój nowotworu jest ściśle związany z przetrwałym zakażeniem wirusami HPV ( z grupy wysokiego ryzyka), a wpływ na to mogą mieć dodatkowe czynniki ryzyka tj.: duża liczba porodów, zakażenia narządów płciowych innymi wirusami, palenie tytoniu czy dieta. Należy pamiętać, że stwierdzenie zakażenia wirusem HPV nie jest jednoznaczne z wystąpieniem w przyszłości raka szyjki macicy. Zwykle od zakażenia do rozwoju dysplazji dużego stopnia albo raka inwazyjnego mija ponad 10 lat. Mając jednak na uwadze zwiększone ryzyko rozwoju w przyszłości raka, a także możliwość istnienia zakażenia przejściowego należy regularnie przestrzegać badań kontrolnych w celu prewencji raka przez wykrywanie i leczenie stanów przedrakowych.
Wirusy HPV z grupy niskiego ryzyka powodują rozwój zmian o charakterze łagodnym np. brodawek płciowych bez cech nowotworzeni w okolicy narządów moczowo-płciowych czy też tzw. kłykcin kończystych. Do typów wirusa HPV o niskiej onkogenności należy m.in. typ: 1,2,3,4,7,10 i 41.